Gilles Veinstein laisse une œuvre considérable. Homme d’archives, il fut dans ce domaine un pionnier, traquant les documents ottomans à Istanbul, mais aussi en Bulgarie, en Grèce, à Venise et à Rome. Les sujets qu’il a abordés sont innombrables : l’histoire du Nord de la mer Noire ; la société ottomane et ses communautés, plus particulièrement les juifs ottomans ; le fonctionnement de l’État ottoman et à sa clef de voûte, le sultan, figure centrale de l’Empire et garant de la stabilité de l’univers. D’autres thèmes retenaient son attention comme l’histoire du commerce et de la fiscalité, l’organisation des métiers juridiques et religieux, les drogmans, les esclaves de la Porte, les rapports politiques et militaires de la Porte avec la France, avec les pays roumains, la Hongrie et les Habsbourg. Parmi ses multiples publications, il convient de citer le magistral Sérail ébranlé, publié en 2003 chez Fayard en collaboration avec Nicolas Vatin, un ouvrage consacré à la mort et à l’avènement des sultans qui a fait date.