Fernando Gil nous a quittés le 19 mars 2006. Pour honorer sa mémoire et son œuvre, le ministre portugais des Sciences, des technologies et de l'enseignement supérieur, José Mariano Gago et la Fondation Calouste Gulbenkian, ont créé un Prix international de philosophie des sciences Fernando Gil. Les candidatures seront acceptées jusqu'au 30 juin 2010.