La promotion de la Légion d'honneur du 1^er janvier 2010 distingue trois membres de l'École : Henri Atlan et Philippe Descola, promus au  grade d'officier, et François Weil, nommé chevalier.

Le Prix de la Ville de Paris pour les études de genre a été décerné à Giovanna Zapperi pour sa thèse intitulée « Stratégies artistiques et masculinité. Marcel Duchamp et son entourage entre avant-garde et culture de masse, 1909-1924 », soutenue à l’École en 2005, sous la direction d’Éric Michaud.

Les étudiants du Centre de recherches interdisciplinaires (CRI), hébergé à l'hôpital Cochin par la faculté de médecine Paris-Descartes, viennent de remporter une Médaille d'or et le Prix spécial du jury « pour les approches éthiques et sociétales » au concours de biologie synthétique iGEM (international Genetically Engineered Machine competition) organisé pour la sixième année consécutive par le MIT. « C'est à Sara Aguiton, en master 2 mention « Histoire des sciences technologies sociétés » à l’EHESS, que l'équipe française doit d'avoir remporté ce prix. » (Le Monde, 27 novembre 2009).